Alfred Huber studierte zunächst von 1981 bis 1987 Medizin an der Universität Wien. Parallel zur Ausbildung zum Neurochirurgen an der Landesnervenklinik Oberösterreich nahm er von 1990 bis 1992 Tonsatz- und Kompositionsstudien bei Gunter Waldek am Brucknerkonservatorium Linz. Von 1992 bis 2000 absolvierte er ein Kompositionsstudium bei Herbert Willi am Landeskonservatorium in Feldkirch. Seine Werke wurden durch die Radiostationen Radio ORF, RAI, Bayern 4 Klassik und SWR 2 ausgestrahlt.

Im Jahr 2009 gründete er das Festival „Emotion and meaning in music“, das 2009 in Kempten im Allgäu, 2010 in Feldkirch/Vorarlberg stattfand. Im Zentrum des Festivals steht die Frage, welche neurokognitiven Vorgänge sich bei der Wahrnehmung speziell zeitgenössischer Musik ereignen, mit dem Ziel einer Vernetzung von Kunst und Wissenschaft